Учредителем Московского теологического института является Централизованная религиозная организация Российская Церковь христиан веры евангельской

Попечительский Совет является постоянно действующим руководящим органом института, формируется из представителей Совета Централизованной религиозной организации Российская Церковь христиан веры евангельской и представителей других религиозных, общественных и образовательных структур. Попечительский Совет оказывает духовную и молитвенную поддержку Ректору, администрации, преподавателям и студентам института. Способствует развитию института и исполнению его программ.

Ректор института является Председателем Попечительского Совета по должности. Является главным административным лицом института, осуществляющим общее руководство. Он действует от имени института, представляет его интересы во всех российских и иностранных организациях. В своей деятельности Ректор подотчетен  Учредителю в лице Правления Централизованной религиозной организации Российская Церковь христиан веры евангельской.

Ученый Совет института организуется Попечительским Советом для обеспечения коллективности обсуждения учебно-воспитательной и методической работы, проведения научных и методических конференций и семинаров, рассмотрения вопросов повышения квалификации преподавателей и решения других вопросов деятельности Института. В состав Ученого Совета входят по должности: Ректор Института; Проректор по учебной части; деканы факультетов, заведующие курсами Института, учебно-консультационными пунктами и филиалами.